Se ha informado sobre un ciclo circadiano interrumpido en la esclerosis múltiple (EM). Estudios previos de asociación a nivel genómico (GWAS) identificaron más de 230 variantes asociadas con la EM. Un estudio realizado en una población eslava identificó dos nuevos polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs), rs6811520 y rs3789327, asociados con el riesgo de EM. Sin embargo, estas regiones que codifican los reguladores clave del ritmo circadiano no se habían vinculado anteriormente a la enfermedad, por lo que es necesario replicar en poblaciones independientes para determinar posibles diferencias geográficas. Nuestro objetivo fue replicar las asociaciones reportadas en los genes y en una cohorte española con un máximo de 974 pacientes con EM y 626 controles. En este estudio, se genotiparon con éxito 956 pacientes con EM y 612 controles para rs6811520 y 943 pacientes con EM y 598 controles para rs3789327. Se recopilaron variables clínicas (edad al inicio de la enfermedad, EDSS o recaídas) en un máximo de 549 pacientes. No se encontraron diferencias estadísticamente significativas entre casos y controles para los SNPs analizados, incluso después de estratificaciones por sexo, forma clínica o estado HLA-DRB1*15:01. No se encontró influencia de los SNPs en la edad al inicio de la enfermedad, EDSS o tasa de recaídas anuales a los 5 años después del inicio. En conclusión, nuestro estudio no replica las asociaciones observadas en la población eslava investigada previamente.