Las interacciones simbióticas entre las leguminosas y un grupo de bacterias del suelo, conocidas como rizobios, conducen a la formación de órganos especializados llamados nódulos radiculares. Dentro de ellos, el nitrógeno atmosférico (N) es fijado por las bacterias y reducido a formas disponibles para las plantas, catalizado por el complejo enzimático nitrogenasa. El desarrollo de una relación simbiótica entre las leguminosas y las bacterias nodulares es un proceso multietapa, precisamente regulado, caracterizado por una alta especificidad en la selección de compañeros. La nodulación implica la expresión aumentada de ciertos genes de la planta, denominados genes de nodulina temprana y tardía. Muchos genes de nodulina codifican glicoproteínas ricas en hidroxiprolina (HRGPs) y proteínas ricas en prolina (PRPs) que están involucradas en varios procesos, incluida la formación de hilos de infección, la señalización celular y las respuestas de defensa, afectando así la formación y función del nódulo. Las ciclofilinas (CyPs) pertenecen a una familia de proteínas con actividad de peptidil-prolil-isomerasa. Las proteínas con dominio de ciclofilina se pueden encontrar en el citoplasma, retículo endoplásmico, núcleo, cloroplasto y mitocondria. Están involucradas en diversos procesos, como el plegamiento de proteínas, la señalización celular, la maduración del ARNm y la respuesta al estrés biótico y abiótico. En esta revisión, nuestro objetivo es resumir los procesos moleculares involucrados en el desarrollo de la simbiosis y resaltar el papel potencial de las ciclofilinas (peptidil-prolil-isomerasas) en este proceso.