La inundación es un factor crítico que limita el establecimiento de una simbiosis entre el arroz y los hongos micorrízicos arbusculares (HMA) en ecosistemas de humedales. La distribución de los recursos de carbono en las raíces y las estrategias de aclimatación del arroz al estrés por inundación en presencia de HMA son poco comprendidas. Realizamos un experimento en cajas de raíces, utilizando láminas de nailon o mallas de nailon para crear cámaras fúngicas separadas que impedían o permitían el paso de las raíces y cualquier molécula. Encontramos que la tasa de colonización micorrízica y la expresión de genes involucrados en la percepción fúngica durante la simbiosis aumentaron en las raíces de arroz micorrizadas tras inundaciones intermitentes en comparación con inundaciones continuas. Además, la inoculación con HMA afectó las características morfológicas de las raíces, facilitando tanto la exploración del suelo más superficial como la más profunda. Un aumento en la intensidad de la sumersión llevó a una privación de carbohidratos en las raíces, mientras que una alta colonización micorrízica aumentó el consumo de oxígeno del suelo y disminuyó la concentración de lípidos neutros en las raíces. Sin embargo, la inoculación micorrízica aumentó la tasa de fotosíntesis del arroz y facilitó la aclimatación a la sumersión al mediar la expresión de genes para mejorar la elongación de los brotes de arroz y la concentración de azúcares en las raíces como resultado de la reducción de la competencia por carbono entre el arroz y los HMA bajo diferentes condiciones de inundación.