En esta revisión, buscamos proporcionar una visión integral de los roles de los hongos en los cultivos hortícolas. Sus roles beneficiosos y efectos patógenos son investigados. Además, se resumen los avances recientes en la detección y estrategias de manejo de hongos (especialmente el uso de análisis espectral). Los hongos beneficiosos, incluidos los hongos que promueven el crecimiento de las plantas (PGPF), los hongos ectomicorrícicos (ECM) y los hongos micorrícicos arbusculares (AMF), mejoran la absorción de nutrientes, promueven el desarrollo de raíces y brotes, mejoran la eficiencia fotosintética y apoyan la resistencia de las plantas contra el estrés biótico y abiótico. Además, los hongos beneficiosos contribuyen a la floración, la germinación de semillas y el manejo de enfermedades a través de biofertilizantes, pesticidas microbianos y micoinsecticidas. Por el contrario, los hongos patógenos causan enfermedades significativas que afectan a raíces, tallos, hojas, flores y frutos, lo que lleva a pérdidas en el rendimiento de los cultivos. Técnicas avanzadas de análisis espectral, como la Espectroscopía Infrarroja por Transformada de Fourier (FTIR), la Espectroscopía de Infrarrojo Cercano (NIR), Raman y la Espectroscopía Visible e Infrarroja Cercana (Vis-NIR), junto con métodos tradicionales como la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) y el Ensayo por Inmunoabsorción Ligado a Enzimas (ELISA), han mostrado promesas en la detección y manejo de patógenos fúngicos. Se discuten las aplicaciones emergentes de los hongos en la agricultura sostenible, incluidos los biofertilizantes y el manejo de plagas respetuoso con el medio ambiente, destacando su potencial para mejorar la productividad de los cultivos y mitigar los impactos ambientales. Esta revisión proporciona una comprensión integral de los roles complejos de los hongos en la horticultura y explora estrategias innovadoras de detección y manejo.