Desde una perspectiva antropocéntrica, los entornos acuáticos son importantes para mantener la salud y la supervivencia; sin embargo, dado que a veces se gestionan basándose en conceptos erróneos, se consideran una vía convergente para los residuos antropogénicos y el saneamiento. Por lo tanto, se observa que estos ecosistemas se han visto amenazados por la contaminación química debida a los xenobióticos, especialmente desde un enfoque más contemporáneo, por la presión selectiva asociada a los antimicrobianos. Existen varios estudios que informan del enriquecimiento de bacterias resistentes a los antimicrobianos y de genes de resistencia a los antimicrobianos movilizables en los ecosistemas acuáticos y adyacentes. Desde la perspectiva del número emergente y reemergente de enfermedades relacionadas con la interacción de factores humanos, animales y ambientales, surgió una nueva concepción para abordar estas cuestiones de manera holística, conocida como el enfoque «Una sola salud». El discurso científico y político sobre este concepto debería conducir a planes de acción eficaces para prevenir y controlar la propagación de enfermedades infecciosas en entornos abiertos, incluidas aquellas afectadas por actividades antropogénicas. Por lo tanto, hoy en día, los debates sobre la resistencia a los antimicrobianos son cada vez más amplios y requieren una visión multidisciplinar para abordar los retos sanitarios y medioambientales, lo que incluye la gestión del medio acuático. El agua puede representar uno de los ecosistemas más importantes para el fenómeno de la resistencia a los antimicrobianos, que surge cuando una comunidad microbiana dinámica y singular puede verse influenciada por varias características. Dado que las sustancias antimicrobianas no se degradan todas al mismo tiempo bajo el mismo tratamiento, las estrategias relativas a su eliminación del medio ambiente deben tener en cuenta sus características químicas individualizadas.