Dos aislados de tomate identificados molecularmente, Ta41 y Rs33, fueron caracterizados y evaluados de forma antagonista. La técnica de cultivo dual mostró que Ta41 tenía una alta actividad antagonista del 83.33%, mientras que un bioensayo con microscopio óptico demostró que el aislado Ta41 sobrepasó completamente al patógeno. Bajo condiciones de invernadero, la aplicación de Ta41 pudo promover el crecimiento de plantas de tomate y tuvo un aumento significativo en la altura de la planta, longitud de la raíz, peso fresco del brote, peso seco del brote, peso fresco de la raíz y peso seco de la raíz. También mejoró significativamente el contenido de clorofila y contenido total de fenoles, tanto en tratamientos protectores como curativos. El ensayo de tratamiento protector mostró el índice de enfermedad más bajo (16.00%), mientras que el tratamiento curativo mostró un índice de enfermedad del 33.33%. A los 20 días después de la inoculación, se observaron aumentos significativos en los niveles de expresión relativa de cuatro genes relacionados con la defensa (PR-1, PR-2, PR-3 y CHS) en todas las plantas tratadas con Ta41 en comparación con las plantas no tratadas. Interesantemente, las plantas tratadas solo con Ta41 mostraron la mayor expresión, con niveles de transcripción relativos de CHS, PR-3, PR-1 y PR-2 que fueron, en comparación con el control, 3.91-, 3.13-, 2.94- y 2.69- veces más altos, respectivamente, y el tratamiento protector mostró niveles de transcripción relativos que fueron 3.50-, 3.63-, 2.39- y 2.27- veces más altos, respectivamente. En consecuencia, la capacidad de Ta41 para promover el crecimiento del tomate, suprimir el crecimiento de Rs33 e inducir resistencia sistémica apoya la incorporación de Ta41 como un bioagente potencial para controlar la enfermedad de la pudrición de raíces y aumentar la productividad de los cultivos, incluidos los tomates.