El algodón sufre de alternancias de inundaciones y sequías en China. Se realizó un ensayo de lisímetro para investigar las respuestas de varios índices de rendimiento del algodón bajo tratamientos de estrés hídrico que incluyen inundaciones (de cinco días, ocho días), sequías (de 10 días, 15 días) y una inundación de cinco días seguida de una sequía de 10 días, durante la etapa de floración y formación de capullos. Los resultados mostraron que el rendimiento de algodón en semilla se redujo significativamente (< 0,05) bajo todos los tratamientos de estrés hídrico, mientras que el índice de cosecha no se vio afectado bajo ningún tratamiento. Se detectaron disminuciones significativas en el rendimiento de materia seca, número de capullos y masa de la cáscara del capullo bajo tratamientos de inundación pero no bajo tratamientos de sequía. Las pérdidas de rendimiento de algodón porcentuales por día inducidas por inundación y sequía fueron del 6,22% y 2,48%, respectivamente. Bajo estrés hídrico, las asociaciones entre el rendimiento de algodón en semilla y los índices de rendimiento relevantes se debilitaron, pero las pérdidas de rendimiento aún estaban fuertemente relacionadas con las disminuciones en el rendimiento de materia seca y el número de capullos. La inundación seguida de sequía causó reducciones significativas en todos los índices de rendimiento excepto el índice de cosecha; sin embargo, la reducción fue mucho menor que las reducciones aditivas inducidas por la inundación y la sequía. Estos resultados proporcionan bases para programar la irrigación y el drenaje bajo el cambio climático.