Los esfingolípidos son ubicuos en eucariotas y ciertos procariotas, donde sirven como componentes vitales de las membranas biológicas y moléculas bioactivas. Los cloroplastos tienen estructuras de membrana complejas que desempeñan roles cruciales en la fotosíntesis, pero su esfingolipidoma específico no ha sido reportado. En este estudio, utilizamos cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS/MS) para analizar el esfingolipidoma de cloroplastos purificados. Detectamos 92 esfingolípidos de cloroplastos. El esfingolipidoma de cloroplastos difería de las muestras de hoja total (TL), con un mayor contenido de bases largas libres y hidroxi-céramidas y una mayor proporción de esfingolípidos complejos con formas de ácidos grasos (AG) de 16C. Notablemente, los glucosilcéramidas de cloroplastos eran predominantemente las formas d18:1 h16:0 y t18:1 h16:0 en lugar de la forma de AG de 24C encontrada en TL y otras estructuras celulares. Comparar los esfingolipidomas de diferentes estructuras celulares subraya la inhomogeneidad de la distribución intracelular de esfingolípidos. Esto proporciona una referencia sólida para esclarecer aún más la función de los esfingolípidos en las células vegetales.