La agricultura de arroz sin agroquímicos ha atraído interés por restaurar la biodiversidad de los campos de arroz y producir alimentos seguros. Los odonatos se utilizan comúnmente como un indicador de biodiversidad en estas granjas de bajo insumo. Sin embargo, el efecto de la agricultura de arroz sin agroquímicos sobre la diversidad de odonatos rara vez se ha evaluado durante todo el período de emergencia de estos insectos. Investigamos si diferentes prácticas agrícolas, como el cultivo convencional o natural (sin agroquímicos ni fertilizantes), y las estrategias de manejo del agua asociadas afectan las tasas de emergencia de los odonatos en paisajes de campos de arroz en el centro de Japón. El muestreo semanal de exuvias en 2017 y 2019 sugirió que los ensamblajes de odonatos diferían entre los campos de arroz convencionales y naturales, con un mayor número de taxones emergiendo de los campos de arroz naturales. Contrario a las expectativas, los campos de arroz convencionales tenían tasas de emergencia equivalentes o superiores de todos los odonatos y de dos especies numéricamente dominantes. Los períodos de emergencia máxima para los taxones numéricamente dominantes diferían entre los tipos de cultivo, con la emergencia de tres especies alcanzando su punto máximo a finales de junio en los campos de arroz convencionales y alcanzando su punto máximo a principios o mediados de julio en los campos de arroz naturales. Nuestros hallazgos sugieren que tanto los campos de arroz convencionales como los naturales son hábitats importantes para los odonatos en Japón.