N6-metilodeoxiadenosina (6mA) es una modificación del ADN recientemente descubierta que está involucrada en la regulación de la adaptación de las plantas a estrés abiótico. Sin embargo, los mecanismos y cambios de 6mA bajo estrés por frío en las plantas aún no se comprenden completamente. Aquí, realizamos un análisis a nivel genómico de 6mA y observamos que los picos de 6mA estaban predominantemente presentes dentro de las regiones del cuerpo del gen tanto en condiciones normales como frías. Además, el nivel global de 6mA aumentó tanto en arroz como en después del tratamiento con frío. Los genes que mostraron una metilación aumentada mostraron enriquecimiento en varios procesos biológicos, mientras que no se observó un enriquecimiento significativo entre los genes con metilación disminuida. El análisis de asociación reveló una correlación positiva entre el nivel de 6mA y el nivel de expresión génica. El análisis conjunto del metiloma de 6mA y el transcriptoma de arroz reveló que las fluctuaciones en los niveles de 6mA causadas por la exposición al frío no estaban correlacionadas con cambios en los niveles de transcripción. Además, descubrimos que los genes ortólogos modificados por 6mA mostraron altos niveles de expresión; sin embargo, solo una pequeña cantidad de genes ortólogos metilados diferencialmente en 6mA se compartieron entre arroz y bajo condiciones de baja temperatura. En conclusión, nuestro estudio proporciona información sobre el papel de 6mA en respuesta al estrés por frío y revela su potencial para regular la expresión de genes relacionados con el estrés.