El aumento en el uso de antibióticos en entornos biomédicos y agrícolas ha sido bien documentado. Ahora se ha demostrado que los antibióticos ejercen efectos fuera de su uso intencionado, incluidos efectos sobre procesos fisiológicos y de desarrollo. Exploramos el efecto de varios antibióticos en la regeneración intestinal en el pepino de mar. Para esto, los holoturias fueron evisceradas y se dejaron regenerar durante 10 días en agua de mar con diferentes cócteles a base de penicilina/estreptomicina (100 ug/mL PS) que incluían: 100 ug/mL de kanamicina (KPS), 5 ug/mL de vancomicina (VPS) y 4 ug/mL (E4PS) o 20 ug/mL (E20PS) de eritromicina. Se realizaron análisis inmunohistoquímicos e histoquímicos para analizar los procesos regenerativos, incluidos el tamaño del rudimento, la remodelación de la matriz extracelular (MEC), la proliferación celular y la dediferenciación muscular. Se observó una reducción en la dediferenciación muscular en todos los animales tratados con antibióticos. La remodelación de la MEC se redujo con los tratamientos VPS, E4PS y E20PS. Además, los organismos sometidos a E20PS mostraron una reducción significativa en el tamaño de sus rudimentos regenerantes, mientras que la exposición a VPS alteró la proliferación celular. Se utilizaron ensayos de MTT para descartar la posibilidad de que los antibióticos afecten directamente la actividad metabólica de los holoturias, mientras que se utilizaron cultivos bacterianos para probar los efectos de los antibióticos en la microbiota entérica de los holoturias. Nuestros resultados demuestran un efecto negativo en la regeneración intestinal y sugieren fuertemente que estos efectos se deben a alteraciones en la comunidad microbiana.