Los alineadores transparentes son una solución ortodóntica moderna diseñada para abordar las maloclusiones dentales de manera discreta y efectiva. En términos de efectos secundarios clínicos, los problemas más reportados entre los usuarios de alineadores son la irritación leve de la mucosa oral, la inflamación localizada y la hipersensibilidad. El uso de materiales poliméricos avanzados en alineadores transparentes, como el poliuretano y el PET-G, ha ganado una amplia aceptación debido a sus propiedades mecánicas, biocompatibilidad y atractivo estético. Sin embargo, persisten preocupaciones sobre su potencial para liberar compuestos químicos. Nuestro objetivo es comprender el impacto de la toxicidad de los alineadores transparentes en la cavidad oral de los pacientes ortodónticos. Se realizó una búsqueda sistemática extensa en las bases de datos electrónicas PubMed, Scopus y Cochrane para identificar artículos con datos relevantes. Esta revisión sistemática se llevó a cabo siguiendo las pautas de los Elementos de Informe Preferidos para Revisiones Sistemáticas y Meta-análisis (PRISMA) para responder a una pregunta formulada de acuerdo con la Población, Intervención, Comparación y Resultados. Se identificaron cuatrocientos trece artículos potencialmente relevantes y, tras aplicar las pautas PRISMA y los criterios de inclusión/exclusión, se incluyeron siete artículos en esta revisión. Nuestros resultados sugieren que los alineadores transparentes son generalmente seguros, pero persisten preocupaciones sobre la lixiviación química de los materiales termoplásticos, la acumulación bacteriana debido a la reducción del flujo salival y las respuestas inflamatorias leves. Nuestra revisión enfatiza que, aunque la mayoría de los materiales son biocompatibles, algunos exhiben citotoxicidad moderada, con el potencial de afectar la salud oral de estos pacientes, subrayando la necesidad de continuar la investigación y mejorar la composición de los materiales.