El uso creciente de fertilizantes químicos provoca la pérdida de la fijación natural de nitrógeno biológico en los suelos, la eutrofización del agua y emite más de 300 Mton de CO por año. También limita el éxito de la inoculación bacteriana externa en el suelo. Las bacterias fijadoras de nitrógeno pueden ser inhibidas por la presencia de amoníaco, ya que su presencia puede inhibir la fijación biológica del nitrógeno. Dos lodos aeróbicos de plantas de tratamiento de aguas residuales (PTAR) fueron expuestos a altas concentraciones de sales de amonio (>450 mg L y >2 dS m). El análisis microbiano después del tratamiento a través de pirosecuenciación 16S mostró la presencia de sp. (17.70%), un género de la familia Clostridiaceae (11.17%), y sp. (10.42%), que estaban presentes al principio con menor abundancia. El análisis de electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante (DGGE) basado en genes H no mostró cambios en la población fijadora de nitrógeno. Se identificaron bacterias fijadoras de nitrógeno (BFN) y se asociaron con otros microorganismos involucrados en el ciclo del nitrógeno, presumiblemente para sobrevivir en condiciones extremas. Se propone el uso potencial de lodos aeróbicos enriquecidos con BFN como alternativa a los fertilizantes químicos, ya que estas bacterias podrían complementar el nitrógeno de la planta mostrando resultados competitivos con la fertilización química.