El estrés por calor que ocurre durante la etapa reproductiva del trigo tiene un efecto perjudicial en la productividad. Un conjunto central de trigo duro fue expuesto a un estrés por calor terminal simulado mediante la aplicación de túneles de plástico en el momento de la floración durante dos temporadas. El rendimiento medio de grano se redujo en un 54% en comparación con las condiciones de control, y el número de granos fue el rasgo más crítico para la tolerancia a este estrés. El uso combinado de índices de tolerancia y rendimiento de grano identificó cinco líneas élite de alto rendimiento: Kunmiki, Berghouata1, Margherita2, IDON37-141 y Ourgh. El conjunto central también fue sometido a un estudio de asociación de genoma completo utilizando 7652 marcadores polimórficos de polimorfismo de un solo nucleótido (SNPs). Las regiones genómicas más significativas se identificaron en asociación con la fertilidad de la espiga y los índices de tolerancia en los cromosomas 1A, 5B y 6B. El análisis de haplotipos en un conjunto de 208 líneas élite confirmó que las líneas que portaban el alelo positivo en los tres loci de rasgos cuantitativos (QTLs) tenían una ventaja de rendimiento del 8% cuando se probaron en campo bajo temperaturas diarias superiores a 31 grados C. Tres de los QTLs se validaron con éxito en marcadores de PCR específicos de alelos competitivos (KASP) y explicaron >10% de la variación fenotípica para un conjunto independiente de germoplasma élite. Estas regiones genómicas ahora pueden ser fácilmente utilizadas mediante mejoramiento genético para mejorar la resistencia al cambio climático y aumentar la productividad en áreas afectadas por el calor.