Para identificar los genes clave que confieren resistencia a la raza 4 del nematodo quiste de la soja (SCN4), este estudio utilizó 280 líneas recombinantes endogámicas (RILs) derivadas de la cultivar resistente Huipizhiheidou (HPD) y la cultivar susceptible Jindou23 (JD23). A través de la caracterización fenotípica y un estudio de asociación a nivel genómico (GWAS), se mapeó una región genómica (Gm18:1,223,546-1,782,241) en el cromosoma 18, lo que dio lugar a 14 genes candidatos. Se validó como un gen crítico de resistencia utilizando PCR cuantitativa por transcripción inversa (RT-qPCR) y el marcador de PCR específica de alelos competitivos (KASP) M0526. La RT-qPCR reveló que la expresión en las raíces de HPD se reguló al alza 9 días después de la inoculación con SCN4 en comparación con los controles no inoculados. La genotipificación KASP mostró que el marcador M0526 distinguió eficientemente entre plantas resistentes y susceptibles en poblaciones naturales: el 71.05% de los accesos resistentes exhibieron genotipos resistentes o moderadamente resistentes, mientras que el 81.03% de los accesos susceptibles mostraron genotipos susceptibles o altamente susceptibles. La validación funcional demostró que la sobreexpresión de mejoró significativamente la resistencia a SCN4 en las cultivares susceptibles JD23 y Jack, mientras que el knockout mediado por CRISPR/Cas9 de en HPD atenuó su resistencia. Este estudio confirmó como un gen clave que rige la resistencia a SCN4 y desarrolló un marcador molecular eficiente, M0526, proporcionando conocimientos teóricos y herramientas técnicas para desentrañar los mecanismos de resistencia a nematodos y avanzar en la mejora de la resistencia a enfermedades en la soja.