Los ARN largos no codificantes (lncARN) están siendo cada vez más reconocidos como moduladores clave de varios mecanismos biológicos, incluida la respuesta inmune. Aunque las investigaciones en teleósteos aún están rezagadas en comparación con las realizadas en mamíferos, la investigación actual indica que los lncARN desempeñan un papel fundamental en la respuesta de los peces a una variedad de patógenos. Durante los últimos años, el interés en los lncARN ha aumentado considerablemente, y un pequeño pero notable número de publicaciones ha informado sobre la modulación del perfil de lncARN en algunas especies de peces después del desafío con patógenos. Este estudio fue el primero en identificar lncARN en la especie comercial de lubina europea. Se detectaron un total de 12,158 lncARN potenciales en el riñón cefálico y el cerebro. Encontramos que algunos lncARN no eran comunes para ambos tejidos, y estos lncARN estaban ubicados cerca de genes codificantes que están principalmente involucrados en procesos específicos de tejidos, reflejando un grado de especialización celular en la síntesis de lncARN. Además, se analizó la modulación de lncARN en ambos tejidos a las 24 y 72 horas después de la infección con nodavirus. El análisis de enriquecimiento de los genes codificantes vecinos de los lncARN modulados reveló muchos términos relacionados con la respuesta inmune y la infectividad viral, pero también relacionados con la respuesta al estrés. Un análisis integrado de los lncARN y los genes codificantes mostró una fuerte correlación entre la expresión de los lncARN y sus genes codificantes adyacentes. Nuestro estudio representa la primera identificación sistemática de lncARN en la lubina europea y proporciona evidencia sobre la participación de estos lncARN en la respuesta al nodavirus.