Los efectos de la lluvia ácida simulada (SAR) en el rendimiento fotosintético de especies de coníferas subtropicales no han sido investigados a fondo. En este estudio, tratamos dos especies de coníferas, (PM) y (CL), con cuatro gradientes de SAR y luego analizamos sus actividades fotosintéticas a través de mediciones de intercambio de gases, fluorescencia instantánea (PF), fluorescencia retardada (DF) y reflexión modulada a 820 nm (MR). El análisis del intercambio de gases indicó que la disminución de la tasa fotosintética neta (Pn) en PM y CL no estaba relacionada con factores estomáticos. Para los transitorios de PF, la SAR indujo bandas K y L positivas, una reducción significativa en el índice de rendimiento fotosintético (PI), el rendimiento cuántico de transferencia de electrones por unidad de sección transversal (ET/CS) y la eficiencia fotocanímica máxima del fotosistema II (F/F). El análisis de la cinética de MR mostró que la cinética de re-reducción del centro de reacción PSI (P700) y la plastocianina (PC) se volvieron más lentas y ocurrieron en momentos posteriores bajo el tratamiento de SAR. Para las señales de DF, una disminución en la amplitud de la curva de inducción de DF redujo el valor máximo de DF (I). Estos resultados sugieren que la SAR obstruyó la capacidad de transferencia de electrones del lado donante y del lado aceptador del fotosistema II (PSII), perjudicó la conectividad entre PSII y PSI, y destruyó el complejo que evoluciona oxígeno (OEC). Sin embargo, PM fue mejor capaz de soportar el estrés por SAR que CL, probablemente debido a la activación de un mecanismo de protección.