Siendo considerada como uno de los problemas ambientales que ponen en peligro la biodiversidad y la salud del ecosistema, la lluvia ácida ha atraído una amplia atención. Aquí, estudiamos los efectos de la lluvia ácida nítrica (NAR) en la estructura y diversidad de las comunidades microbianas en suelos agrícolas mediante experimentos de incubación en laboratorio y experimentos en invernadero. Nuestros resultados indicaron que la NAR tuvo un efecto inhibitorio en los microorganismos del suelo, mostrando una reducción significativa en el índice Chao1 y el índice de Shannon de las bacterias del suelo. Proteobacteria, Acidobacteriota, Actinobacteriota y Chloroflexi fueron los filos bacterianos dominantes bajo estrés de NAR en este estudio. La NAR redujo significativamente la abundancia relativa de Proteobacteria y Actinobacteria, pero aumentó significativamente la abundancia relativa de Acidobacteriota y Chloroflexi, lo que sugiere que la NAR era desfavorable para la supervivencia de Proteobacteria y Actinobacteria. Cabe destacar que el efecto inhibitorio o promotor de la NAR en los filos bacterianos dominantes aumentó gradualmente con el aumento de la acidez de la NAR y el tiempo de tratamiento. Además, el estudio observó que el cambio en el pH del suelo causado por la NAR fue la razón principal del cambio en la estructura de la comunidad bacteriana del suelo. En resumen, los efectos de la NAR en los microorganismos del suelo no pueden ser subestimados desde la perspectiva del desarrollo agrícola sostenible.