Las inferencias evolutivas de los árboles filogenéticos pueden ser modeladas de manera estocástica utilizando una variedad de marcos matemáticos. Entre estos, las ecuaciones diferenciales estocásticas (SDEs) proporcionan un enfoque particularmente flexible y poderoso para capturar la dinámica en tiempo continuo de los procesos evolutivos. Esta revisión resume los avances en modelado estocástico para la evolución de rasgos a lo largo de un árbol filogenético, con un enfoque en ecuaciones diferenciales estocásticas (SDEs), procesos gaussianos y no gaussianos, y modelos de series temporales que pueden ser expresados como casos especiales de marcos estocásticos generales, dependiendo de las preguntas abordadas o los tipos de datos analizados. Exploramos los desarrollos actuales y las futuras direcciones de investigación del modelado estocástico para el análisis comparativo filogenético en la evolución de rasgos.