Dieciséis muestras de líquenes epilíticos (13 especies), recolectadas de siete localidades en las tierras de Victoria del Norte y del Sur en la Antártida, fueron investigadas por la presencia de hongos negros. Trece cepas de hongos aisladas fueron estudiadas mediante métodos morfológicos y moleculares. Se utilizaron secuencias del gen ribosomal nuclear 18S junto con las secuencias más similares publicadas y no publicadas de hongos de otras fuentes, para reconstruir un árbol ML. La mayoría de los hongos estudiados pudieron agruparse con especies descritas o aún no nombradas que habitan en rocas en comunidades criptoendolíticas dominadas por líquenes en la Antártida. En el límite de la vida, los líquenes epilíticos se retiran dentro de los espacios de aire de las rocas para encontrar condiciones aún compatibles con la vida; este estudio proporciona evidencia, por primera vez, de que los mismos microbios asociados a los talos epilíticos también tienen el mismo destino y eligen la vida endolítica. Estos resultados apoyan el concepto de que los líquenes son sistemas simbióticos complejos, que ofrecen hábitats atractivos y protegidos para otros microbios.