Los trastornos del metabolismo y transporte de lípidos y lipoproteínas son responsables del desarrollo de un amplio espectro de patologías, que van desde enfermedades cardiovasculares hasta el síndrome metabólico e incluso el desarrollo de tumores. Recientemente, se ha logrado un conocimiento más profundo de los mecanismos moleculares que controlan nuestro reloj biológico y los ritmos circadianos. De estos estudios ha surgido claramente cómo el reloj molecular regula de manera estricta cada aspecto de nuestras vidas, incluido nuestro metabolismo. Esta revisión analiza la organización y el funcionamiento del reloj circadiano y su relevancia en la regulación de procesos fisiológicos. También describimos el metabolismo y el transporte de lípidos y lipoproteínas como un aspecto esencial para nuestra salud, y nos centraremos en cómo el reloj circadiano y el metabolismo de lípidos están profundamente interconectados. Finalmente, discutimos cómo un conocimiento más profundo de esta relación podría ser útil para mejorar la reciente propagación de enfermedades metabólicas.