La fibra verde (FV) es una fibra de color natural. Un entendimiento limitado de su mecanismo de formación de color restringe la mejora de la calidad del algodón coloreado. Este experimento utilizó el germoplasma de fibra verde de algodón de tierras altas 1-4560 y la línea inbred genética TM-1; se revelaron los perfiles lipídicos de las fibras verdes a los 30 (etapa blanca) y 35 días post-anthesis (DPA) (etapa de verdor temprano), así como los de TM-1 en las mismas etapas. Entre los 109 tipos diferenciales de lípidos (TDLs) únicos de FV, el contenido de fosfatidilserina PS (16:0_18:3) fue significativamente diferente a los 30 y 35 DPA. Se especula que este lípido es crucial para la acumulación de pigmento y el proceso de formación de color de las fibras verdes. Los 197 TDLs únicos de TM-1 pueden estar involucrados en el desarrollo de fibra blanca (FB). Entre los TDLs compartidos en FV35 vs. FV30 y FB35 vs. FB30, el sulfoquinovosyldiacilglicerol SQDG (18:1_18:1) muestra una diferencia significativa en el cambio de contenido entre fibras verdes y fibras blancas, afectando potencialmente la formación de color a través de cambios en el contenido. Las vías metabólicas enriquecidas en ambos grupos de comparación son relativamente conservadas. En la vía metabólica de glicerofosfolípidos más significativamente enriquecida, la 1-acil-sn-glicero-3-fosfocolina (C04230) solo aparece en el algodón blanco. Esto indica diferencias en las vías metabólicas entre fibras blancas y verdes, potencialmente relacionadas con diferentes mecanismos de formación de color y desarrollo de fibra. Estos hallazgos proporcionan una nueva base teórica para estudiar el desarrollo de la fibra de algodón y ofrecen importantes perspectivas sobre el mecanismo específico de formación de color de la fibra verde.