Las aves rapaces y las de la familia Psittacidae albergan microbiota fúngica y desempeñan un papel importante en la epidemiología de las zoonosis. Pocos estudios en la literatura han caracterizado los hongos miceliares y levaduriformes presentes en los excrementos de estas aves y correlacionado los aislamientos con el potencial zoonótico de los microorganismos. Se evaluaron excrementos de 149 aves y divididos en dos grupos: cautivos: Rhea americana araneipes, Primolius maracana, Ara ararauna, Ara chloropterus, Anodorhynchus hyacinthinus, Amazona aestiva, Ara macao macao, Ramphastos toco, Sarcoramphus papa, Busarellus igricollis, Bubo virginianus nacurutu, Buteogallus coronatus, Buteogallus urubitinga urubitinga, Spizaetus melanoleucus, Spizaetus ornatus ornatus, Buteo albonotatus, Geranoaetus albicaudatus albicaudatus, Rupornis magnirostris magnirostris y Harpia harpyja, y aves en cuarentena: Amazona aestiva y Eupsitulla aurea. Los aislados de hongos se identificaron según su aspecto macroscópico (aspecto macroscópico de la colonia), micromorfológico y características bioquímicas. Entre las aves exhibidas en recintos, Aspergillus niger (41,1%) y Candida kefyr (63,8%) fueron los hongos aislados con mayor frecuencia en Harpia harpyja y Ramphastos toco, respectivamente. En aves en cuarentena, se observaron los siguientes porcentajes en Eupsittula aurea: (76,6%) C. krusei, (84,4%) C. kefyr y (15,2%) C. famata, mientras que en Amazona aestiva se observó (76,2%) C. krusei. Estos hallazgos indican la presencia de especies potencialmente patógenas en los excrementos de aves evaluados, lo que constituye un riesgo de exposición para los cuidadores y las personas que visitan el zoológico. Las aves del Cerrado y el Pantanal de Mato Grosso (región centro-occidental de Brasil) podrían actuar en la cadena epidemiológica de importantes zoonosis.