En los fríos desiertos de los Valles Secos de McMurdo (MDV), la idoneidad del suelo para la vida microbiana está determinada tanto por procesos contemporáneos como por efectos heredados. Los cambios climáticos y la actividad glacial que los acompaña han causado extinciones locales y cambios geoquímicos duraderos en partes de estos ecosistemas de suelo a lo largo de varios millones de años, mientras que las áreas de refugio pueden haber escapado a estas perturbaciones y existido bajo condiciones relativamente estables. Este estudio describe el impacto de eventos históricos de disturbio glacial y lacustre en comunidades microbianas a lo largo del MDV para investigar cómo esta historia de disturbios divergentes influyó en la estructuración de comunidades microbianas en este ecosistema, que de otro modo es muy estable. Las comunidades bacterianas del suelo de 17 sitios que representan refugios putativos o sitios perturbados durante el Último Máximo Glacial (LGM) (22-17 kya) fueron caracterizadas utilizando metabarcoding de 16 S. Independientemente de la distancia geográfica, varios sitios de refugio putativos a elevaciones superiores a 600 m mostraron comunidades microbianas altamente similares. A escala regional, se encontró que la composición de la comunidad estaba influenciada más por la elevación y la proximidad geográfica que por las propiedades geoquímicas del suelo. Estos resultados sugieren que, a pesar de las condiciones extremas, existen comunidades microbianas diversas en estos refugios putativos que presumiblemente han permanecido sin perturbar al menos desde el LGM. Sugerimos que las similitudes en las comunidades microbianas pueden interpretarse como evidencia de legados climáticos históricos a escala de ecosistema.