Aunque la radiación ionizante (RI) se utiliza ampliamente con fines terapéuticos y de investigación, los estudios sobre la radiación ionizante de baja dosis (RIBD) son limitados en comparación con los de otros enfoques de RI, como la irradiación gamma de alta dosis y la irradiación ultravioleta. La RI de alta dosis afecta la respuesta al daño del ADN y el entrecruzamiento de nucleótidos y proteínas, entre otros procesos; sin embargo, las consecuencias moleculares de la RIBD han sido poco investigadas. Aquí, desarrollamos un método para perfilar especies de ARN entrecruzadas a una proteína unidora de ARN, a saber, el antígeno humano R (HuR), utilizando RIBD y secuenciación de ARN de alto rendimiento. Los fragmentos de ARN aislados a través de la secuenciación de entrecruzamiento y precipitación inmunitaria de RIBD estaban entrecruzados con HuR y protegidos de la digestión mediada por RNasa. Al entrecruzar HuR con ARNm objetivo como , , , y , los transcritos se degradaron rápidamente en líneas celulares humanas. Además, y la regulación a la baja mediaron los efectos beneficiosos de la RIBD sobre la viabilidad celular. Así, nuestro enfoque proporciona un método para investigar la regulación génica post-transcripcional utilizando RIBD.