Las microglías juegan un papel crítico en la respuesta neuroinmune, pero se sabe poco sobre el papel de las microglías en el sueño tras un desencadenante inflamatorio. Sin embargo, décadas de investigación se han basado en la suposición de que un desencadenante inflamatorio aumenta el sueño a través de la activación microglial. Hipotetizamos que los ratones (n = 30) con microglías depletadas utilizando PLX5622 (PLX) dormirían menos tras la administración de lipopolisacárido (LPS) para inducir inflamación. Se recolectaron cerebros y se evaluó la morfología microglial utilizando análisis esqueléticos cuantitativos y se registraron parámetros fisiológicos utilizando jaulas piezoeléctricas no invasivas. Los ratones alimentados con dieta PLX tuvieron un aumento transitorio en el sueño que se disipó para la semana 2. Posteriormente, tras una primera inyección de LPS (0.4 mg/kg), los ratones con microglías depletadas durmieron más que los ratones en la dieta de control. Todos los ratones fueron devueltos a comida normal para roedores para repoblar las microglías en el grupo PLX (10 días). Existieron diferencias nominales en el sueño durante el período de repoblación de microglías. Sin embargo, tras una segunda inyección de LPS, los ratones con microglías repobladas durmieron de manera similar a los ratones de control durante el período oscuro, pero con episodios más largos durante el período de luz. Al comparar el sueño después de la primera inyección de LPS con el sueño después de la segunda inyección de LPS, los controles exhibieron cambios temporales en los patrones de sueño, pero sin cambios en los minutos acumulados de sueño, mientras que el sueño acumulado en los ratones con microglías repobladas disminuyó durante el período oscuro a lo largo de todos los días. Las microglías repobladas tenían una morfología reactiva. Concluimos que las microglías son necesarias para regular el sueño después de un desafío inmunológico.