Los microbiomas fecales y cecales de caballos sanos alimentados con una dieta de HAY, heno + almidón y azúcar (SS), y heno + ingredientes de fibra y aceite (FO) se compararon utilizando secuenciación de alto rendimiento y qPCR. Los efectos de la dieta también se compararon evaluando ácidos grasos de cadena corta, pH y capacidad de amortiguación (BC). HAY se asoció con una menor diversidad alfa en heces y una mayor abundancia de géneros bacterianos que degradan fibra. En contraste, SS mostró una mayor abundancia de géneros vinculados a la fermentación de carbohidratos no estructurales y acidosis intestinal, mientras que FO se asoció con géneros relacionados con la degradación de fibra y marcadores de un estado de salud mejorado. Los valores más altos de pH fecal se observaron en HAY; se observaron valores más altos de BC a pH 6 en el ciego en FO y SS, y un mayor BC a pH 5 se observó en las heces de SS. En conjunto, estos datos demostraron que las dietas basadas en fibra, SS y FO, aunque influyen en la microbiota cecal y fecal y en la diversidad fecal, no afectaron significativamente los parámetros digestivos y podrían no promover riesgos para la salud de los caballos.