Los ARN largos no codificantes (lncARN) son transcritos no codificantes involucrados en varios procesos biológicos. Se sabe que el cromosoma Y determina el sexo masculino en los mamíferos. Los lncARN en el cromosoma Y pueden desempeñar roles regulatorios importantes. Sin embargo, el conocimiento sobre sus mecanismos de acción sigue siendo limitado, especialmente durante el desarrollo fetal temprano. Por lo tanto, realizamos este estudio exploratorio con el objetivo de identificar, caracterizar e investigar la expresión diferencial de lncARN entre fetos de cerdo machos y hembras a los 35 días de gestación. Se prepararon y secuenciaron bibliotecas de ARN-Seq de 10 fetos utilizando la plataforma Illumina. Después de la secuenciación, se realizó un control de calidad de los datos utilizando Trimmomatic, alineación con HISAT2 y ensamblaje de transcritos con StringTie. Los lncARN expresados diferencialmente se identificaron utilizando el paquete limma del software R (4.3.1). Se identificaron y caracterizaron un total de 871 lncARN potencialmente nuevos. Considerando la expresión diferencial, ocho lncARN estaban sobreexpresados en fetos machos. Uno se mapeó en SSC12 y siete se localizaron en el cromosoma Y; entre ellos, un lncARN es potencialmente nuevo. Estos lncARN están involucrados en diversas funciones, incluida la regulación de la expresión génica y la modulación de la estructura cromosómica. Estos descubrimientos permiten futuros estudios sobre lncARN en la etapa fetal en cerdos.