Los oomicetos del suelo incluyen patógenos de plantas devastadores que causan pérdidas sustanciales en el sector agrícola. Para gestionar mejor este importante grupo de patógenos, es fundamental entender cómo responden a las prácticas agrícolas comunes, como la labranza y la rotación de cultivos. Aquí, se estableció un experimento de campo a largo plazo utilizando un diseño de parcelas divididas con la labranza como el factor principal (labranza convencional (CT) frente a labranza cero (NT), dos niveles) y la rotación como el factor de subparcela (monocultivos de soja, maíz o trigo, y rotación de maíz-soja-trigo, cuatro niveles). Las comunidades de oomicetos del suelo post-cosecha se caracterizaron durante tres años consecutivos (2016-2018) mediante metabarcoding de la región del Espaciador Interno Transcrito 1 (ITS1). La comunidad contenía 292 variantes de secuencia de amplificación (ASVs) y estaba dominada por spp. (85.1% en abundancia, 203 ASV) y spp. (10.4%, 51 ASV). NT disminuyó la diversidad y la heterogeneidad de la estructura composicional de la comunidad, mientras que la rotación de cultivos solo afectó la estructura de la comunidad bajo CT. Los efectos de interacción de la labranza y la rotación en la mayoría de las especies de oomicetos acentuaron la complejidad de gestionar estos patógenos. La salud del suelo y de los cultivos, representada por la vitalidad de las plántulas de soja, fue más baja en suelos bajo CT cultivando soja o maíz, mientras que el rendimiento de grano de los tres cultivos respondió de manera diferente a los regímenes de labranza y rotación de cultivos.