La soja es una fuente natural importante de isoflavonas, pero su concentración probablemente esté influenciada por factores externos, como las condiciones climáticas y los sistemas de labranza del suelo. Sin embargo, hay información mínima sobre los efectos de tales factores externos en la concentración de isoflavonas en las sojas cultivadas en Europa. Por lo tanto, en este estudio, se establecieron experimentos de campo en Rumanía para investigar los posibles impactos de tres sistemas de labranza del suelo diferentes: labranza convencional, labranza mínima y labranza sin labranza, en los rendimientos de los cultivos y la concentración de isoflavonas de la soja durante tres años experimentales, 2014-2016. Nuestros resultados experimentales indicaron que los sistemas de labranza del suelo tuvieron poco impacto en los rendimientos de la soja cada año. Sin embargo, se encontró que el rendimiento de 2016 fue más alto que los rendimientos de 2014 y 2015 bajo los tres sistemas de suelo. Para cada año experimental, el mayor rendimiento fue registrado por el sistema convencional, seguido por el sistema de labranza mínima y el sistema de labranza sin labranza bajo el primer control de malezas (control de malezas dos (wct2): S-metolacloro 960 g/L, imazamox 40 g/L y propaquizafop 100 g/L). Asimismo, el sistema de labranza del suelo no tuvo una influencia significativa en las concentraciones totales de isoflavonas. Sin embargo, notamos algunas variaciones en la concentración de isoflavonas individuales (daidzina, genistina, glicitina, daidzeína, genisteína) en cada año. En conjunto, los sistemas de labranza mínima y sin labranza pueden ser empleados como un sistema de labranza del suelo adecuado en la agricultura de soja sin un impacto en la isoflavona total.