La incorporación de paja promueve la productividad del arroz y la fertilidad del suelo. Sin embargo, los efectos de la práctica de labranza con paja en las emisiones de gases de efecto invernadero en los campos de arroz no están bien documentados. Bajo tres sistemas de cultivo de arroz de China (cultivo de arroz único, doble cultivo de arroz y cultivo de arroz-trigo), investigamos el rendimiento del arroz, las emisiones de CH, NO, área y rendimiento surgidas de diferentes patrones de labranza con incorporación de paja. La labranza con paja afectó el rendimiento del arroz en -6.8~3.2%, -9.1~9.0% y -9.8~2.1% en los sistemas de cultivo de arroz único, arroz-trigo y doble cultivo de arroz respectivamente. La paja impactó en la emisión de CH pero la labranza influyó en su impacto independientemente del sistema de cultivo de arroz. Las emisiones de CH más altas ocurrieron en RedT + S, RoT + S y RoT + S bajo los sistemas de cultivo de arroz único, arroz-trigo y doble cultivo de arroz respectivamente. La emisión acumulativa de CH de PT + S disminuyó en un 46.8% ( < 0.05) en comparación con RedT + S en el sistema de cultivo único, mientras que bajo los sistemas de cultivo de arroz-trigo y doble cultivo de arroz, la emisión acumulativa de CH de PT + S disminuyó en un 19.0% ( < 0.05) y un 13.2% ( > 0.05) respectivamente en comparación con RoT + S. Una menor abundancia metanogénica de PT + S se tradujo en las emisiones acumulativas más bajas de CH, área y rendimiento en los sistemas de cultivo de arroz único y doble cultivo de arroz. Para mantener un alto rendimiento de arroz y reducir las emisiones de gases de efecto invernadero de la incorporación de paja, se recomienda PT + S para un sistema de cultivo basado en arroz.