Desde la década de 1980, la agricultura y la mejora de plantas han cambiado con el desarrollo de la tecnología de marcadores moleculares. En las últimas décadas, se han utilizado diferentes tipos de marcadores moleculares para diferentes propósitos: mapeo, selección asistida por marcadores, caracterización de recursos genéticos, etc. Esto ha producido un genotipado efectivo, pero los resultados han sido costosos y consumidores de tiempo, debido al pequeño número de marcadores que se podían probar simultáneamente. Los avances recientes en tecnologías de marcadores moleculares, como el desarrollo de plataformas de genotipado de alto rendimiento, genotipado por secuenciación y la liberación de las secuencias genómicas de las principales plantas de cultivo, abren nuevas posibilidades para avanzar en la mejora de los cultivos. Esta Edición Especial recopila dieciséis estudios de investigación, incluida la aplicación de marcadores moleculares en once especies de cultivos, desde la generación de mapas de ligamiento y estudios de diversidad hasta la aplicación de selección asistida por marcadores y predicción genómica.