BC es un nutracéutico que puede modular la microbiota intestinal. Este estudio investiga los efectos de la suplementación dietética con BC en la microbiota luminal y asociada a la mucosa en el yeyuno, ciego y colon de conejos. Veintiuna conejas de Nueva Zelanda fueron divididas en tres grupos experimentales (n = 7) que recibieron un alimento comercial (grupo CTRL) y la misma dieta suplementada con 2.5% y 5% de BC (grupos de 2.5% BC y 5% BC, respectivamente), desde los 35 (destete) hasta los 90 días de edad (sacrificio). Al sacrificio, se extrajo el tracto digestivo de cada animal, luego se recolectaron y analizaron tanto el contenido como la microbiota asociada a la mucosa del yeyuno, ciego y colon mediante secuenciación del gen 16SrRNA de nueva generación. Se encontraron diferencias significativas en la composición microbiana de los tres grupos (es decir, beta-diversidad: < 0.01), especialmente en el ciego y colon del grupo de 2.5% BC. El análisis de abundancia relativa mostró que las familias más afectadas por la administración de BC fueron Clostridia UCG-014, Barnesiellaceae y Eggerthellaceae. También se encontró una tendencia para Lachnospiraceae, Akkermansiaceae y Bacteroidaceae. Una predicción funcional ha revelado varias vías alteradas en los grupos de BC, con referencia particular al metabolismo de aminoácidos y lactosa. La relación Firmicutes:Bacteroidetes disminuyó en las muestras luminales del ciego del grupo de 2.5% BC. Estos hallazgos sugieren que la suplementación con BC podría afectar positivamente la microbiota intestinal. Sin embargo, se necesita más investigación para establecer la dosis óptima de administración.