Los gimnospermas se originaron en el Devónico Medio y han experimentado una larga historia evolutiva con pulsos de especiación y extinción, lo que resultó en los cuatro grupos existentes morfológicamente distintos, es decir, cícadas, coníferas y gnetófitos. Durante más de un siglo, las relaciones sistemáticas dentro de los gimnospermas existentes han sido debatidas porque diferentes autores enfatizaron diferentes caracteres. Estudios filogenómicos recientes de gimnospermas han proporcionado una topología consistente, que se alinea bien con los gimnospermas existentes clasificados en tres clases, cinco subclases, ocho órdenes y 13 familias. Aquí, revisamos las opiniones históricas sobre la sistemática de los gimnospermas con especial referencia a varios taxones problemáticos y reconsideramos la evolución de algunos caracteres morfológicos clave previamente enfatizados por los taxónomos dentro de un contexto filogenómico. Concluimos que (1) las cícadas contienen dos familias, es decir, las Cycadaceae y las Zamiaceae; (2) es hermana de las cícadas pero no de las coníferas, siendo las similitudes entre y las coníferas el resultado de una evolución paralela que incluye un patrón de crecimiento monopodial, madera picnoxílica en brotes largos y conos femeninos compuestos, y las similitudes reproductivas entre y las cícadas son sinapomórficas o plesiomórficas, por ejemplo, el polen en forma de bote, el tubo polínico ramificado y los espermatozoides flagelados; (3) las coníferas son parafiléticas con los gnetófitos anidados dentro de ellas, por lo tanto, los gnetófitos son coníferas derivadas, y nuestros coniferófitos recién delimitados son equivalentes a los Pinopsida e incluyen tres subclases, es decir, Pinidae, Gnetidae y Cupressidae; (4) los conos carnosos de las coníferas se originaron múltiples veces, las Podocarpaceae son hermanas de las Araucariaceae, las Cephalotaxaceae y las Taxaceae comprenden un pequeño clado, que es hermana de las Cupressaceae; (5) las Cephalotaxaceae son distintas de las Taxaceae, porque la primera familia posee conos femeninos típicos y la parte carnosa de la semilla se deriva de la carnosidad del integumento, mientras que la última familia tiene conos femeninos reducidos y no conserva trazas de los complejos de escamas de semillas.