El modelo del sistema sobre el problema de sincronizabilidad de redes complejas con estructura de múltiples capas se acerca más a la red real que el caso habitual de una sola capa. Basado en la ecuación de estabilidad maestra (MSF), este artículo estudia el espectro de valores propios de dos redes de tipo molino de viento de acoplamiento variable de k capas. En el caso de dominio de sincronización acotado e ilimitado, se estudian las relaciones entre la sincronizabilidad de las redes de tipo molino de viento en capas y los parámetros de la red, como el número de nodos y capas, la fuerza de acoplamiento entre capas. Se presentan simulaciones de la sincronizabilidad de las redes de tipo molino de viento en capas, y verifican bien los resultados teóricos. Finalmente, se presentan esquemas de optimización de la sincronizabilidad desde la perspectiva de redes de una sola capa y de múltiples capas, y se encontró que la sincronizabilidad de las redes de tipo molino de viento en capas puede mejorarse cambiando los parámetros apropiadamente.