La heterocigosidad es una medida fundamental que se utiliza rutinariamente para comparar poblaciones e inferir el nivel de variación genética y sus tamaños efectivos relativos. Sin embargo, tal comparación está altamente influenciada por la magnitud de la presión de selección en las regiones genómicas utilizadas. Utilizando más de 2 millones de variantes de nucleótido único (SNVs) de poblaciones de chimpancés y ratones, este estudio muestra que las heterocigosidades estimadas utilizando sitios de evolución neutral de grandes poblaciones fueron dos veces más altas que las de pequeñas poblaciones. Sin embargo, esta diferencia fue solo de aproximadamente 1.6 veces para las heterocigosidades estimadas utilizando sitios no sinónimos. Esto sugiere un exceso en las heterocigosidades no sinónimas debido a la segregación de variantes deletéreas en pequeñas poblaciones. Este exceso en las heterocigosidades no sinónimas de las pequeñas poblaciones se estimó en un 23-31%. Un análisis adicional reveló que la magnitud del exceso está modulada por el tamaño efectivo de la población y la intensidad de selección. Utilizando poblaciones de chimpancés, esta investigación encontró que el exceso en la diversidad no sinónima en la pequeña población fue bajo (6%) cuando la diferencia entre los valores de grandes y pequeñas poblaciones fue pequeña (2.4 veces). Por el contrario, esto fue alto (23%) cuando la diferencia en fue grande (5.9 veces). El análisis utilizando poblaciones de ratones mostró que el exceso en la diversidad no sinónima de genes altamente restringidos de la pequeña población fue mucho mayor (38%) que el observado para los genes bajo restricciones selectivas relajadas (21%). Resultados similares se observaron cuando se utilizaron los niveles de expresión de los genes como un proxy para la intensidad de selección. Estos resultados enfatizan el uso de regiones neutrales, genes menos restringidos o genes de baja expresión al comparar las heterocigosidades entre poblaciones.