El presente estudio tuvo como objetivo evaluar las diferencias en la distribución de rotíferos en tres zonas estuarinas de un estuario inverso ubicado en la Región Semiárida de Brasil. Las zonas se seleccionaron en función de su proximidad al océano y al borde fluvial para reflejar un gradiente horizontal de salinidad. La alta descarga de agua dulce durante la época de lluvias fue el principal determinante de la composición de los rotíferos. Por otro lado, debido a los mayores valores de salinidad durante la época seca, se observaron valores muy bajos de riqueza y abundancia de especies en todas las zonas. Por lo tanto, el estudio destaca las limitaciones de la salinidad y la influencia positiva de la estacionalidad y la proximidad fluvial en las especies de rotíferos en un ambiente estuarino semiárido.