En un monocultivo a largo plazo con árboles frutales y viveros de árboles, es necesario regenerar el suelo debido al riesgo de la enfermedad de replante de manzanos (ARD). La aparición de ARD se manifiesta en la estructura del micobioma. La premisa de nuestro experimento era que el uso de rábano ( var. ), mostaza blanca (), y cempasúchil ( L.) como plantas fitosanitarias para biofumigación proporcionaría a los cultivos nutrientes, mejorar las propiedades fisicoquímicas del suelo e influir en la diversidad de la microbiota, incluidas las redes fúngicas, hacia un micobioma beneficioso. El análisis metagenómico de las poblaciones fúngicas basado en la región hipervariable ITS1 se utilizó para evaluar los cambios en el micobioma del suelo. Mostró que la biofumigación, principalmente con un cultivo previo de cempasúchil ( L.) (R3), causó una mejora en las propiedades fisicoquímicas del suelo (densidad aparente y humus) y el mayor aumento en la abundancia de unidades taxonómicas operativas (OTUs) del reino , que fue similar al de suelos no degradados agrícolamente, y ascendió al 54.37%. En esta variante del experimento, la mayoría de las OTUs se identificaron a nivel de filo, para (39.82%) y hongos beneficiosos (7.73%). No hubo tales dependencias en los suelos replantados con cultivos previos de rábano oleaginoso ( var. ) y mostaza blanca (). La biofumigación con cempasúchil y rábano oleaginoso contribuyó a una reducción en el género , que contiene varias especies significativas de patógenos de plantas. Los porcentajes de unidades taxonómicas operativas (OTUs) de spp. disminuyeron del 1.57% al 0.17% y 0.47%, respectivamente.