La resecuenciación de genoma completo revela firmas de evolución adaptativa en y
Autores: Yang, Jingyu; Cai, Zizi; Fang, Yan; Shan, Binbin; Zhang, Ran; Lin, Longshan; Li, Yuan; Zhang, Jing
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
La resecuenciación de genoma completo revela firmas de evolución adaptativa en y
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Especies marinas
China
Resecuenciación del genoma completo
Loci SNP
Evolución adaptativa
Variación genómica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
y son especies marinas de importancia económica a lo largo de la costa de China, con características morfológicas externas y hábitos de vida similares, con amplia distribución y fuerte adaptabilidad. Para investigar los mecanismos moleculares subyacentes a la evolución adaptativa de estas dos especies, realizamos una resecuenciación de genoma completo de 10 individuos de ambas especies de las aguas costeras de la isla Wuyu, Fujian, China, utilizando tecnología de secuenciación de alto rendimiento. Obtuvimos información sobre variaciones SNP, InDel, CNV y SV y anotamos estas variaciones, construyendo una base de datos de variación genómica para ambas especies. Al comparar los datos de resecuenciación con genomas de referencia, identificamos 9,829,511 loci SNP en la población de y 34,051,056 loci SNP en la población de . Utilizando datos SNP de genoma completo, empleamos métodos Fst y ROD para identificar regiones genómicas candidatas bajo selección. La anotación funcional y el análisis de enriquecimiento utilizando bases de datos GO y KEGG revelaron una posible evolución adaptativa en asociada con la respuesta inmune, la alimentación, el crecimiento y desarrollo, y la locomoción, mientras que mostró una posible evolución adaptativa asociada con la respuesta inmune, el sistema nervioso, el crecimiento y desarrollo, y el metabolismo.
Descripción
y son especies marinas de importancia económica a lo largo de la costa de China, con características morfológicas externas y hábitos de vida similares, con amplia distribución y fuerte adaptabilidad. Para investigar los mecanismos moleculares subyacentes a la evolución adaptativa de estas dos especies, realizamos una resecuenciación de genoma completo de 10 individuos de ambas especies de las aguas costeras de la isla Wuyu, Fujian, China, utilizando tecnología de secuenciación de alto rendimiento. Obtuvimos información sobre variaciones SNP, InDel, CNV y SV y anotamos estas variaciones, construyendo una base de datos de variación genómica para ambas especies. Al comparar los datos de resecuenciación con genomas de referencia, identificamos 9,829,511 loci SNP en la población de y 34,051,056 loci SNP en la población de . Utilizando datos SNP de genoma completo, empleamos métodos Fst y ROD para identificar regiones genómicas candidatas bajo selección. La anotación funcional y el análisis de enriquecimiento utilizando bases de datos GO y KEGG revelaron una posible evolución adaptativa en asociada con la respuesta inmune, la alimentación, el crecimiento y desarrollo, y la locomoción, mientras que mostró una posible evolución adaptativa asociada con la respuesta inmune, el sistema nervioso, el crecimiento y desarrollo, y el metabolismo.