Han surgido varios algoritmos eficientes para realizar comparaciones por pares entre grandes bases de datos de estructuras de proteínas en la literatura reciente. El tema central es el diseño de una medida entre los átomos de dos cadenas de proteínas, a partir de la cual se utiliza programación dinámica para calcular una alineación. La eficiencia y eficacia de estos algoritmos permite estudios computacionales a gran escala que antes habrían sido imprácticos. El estudio computacional aquí presentado muestra que el algoritmo de alineación estructural de descomposición en valores propios con el espectro (EIGAs) es robusto frente a variaciones tanto paramétricas como estructurales.