Las plantas producen una diversa gama de pequeñas moléculas de ARN capaces de regular genes, incluyendo los ARN de interferencia cortos (p4-si) dependientes de Pol IV que desencadenan el silenciamiento transcripcional de genes. Los transcriptomas de pequeños ARN están disponibles para muchas especies de plantas, pero las mutaciones que afectan la síntesis de siARNs dependientes de Pol IV se caracterizan solo en maíz, lo que lleva a suposiciones sobre la naturaleza de los p4-siARNs en todas las demás especies. Hemos identificado una mutación en la subunidad más grande de Pol IV que impacta la actividad de Pol IV en un pariente agrícola importante de la planta de referencia. Usando esta mutación, caracterizamos las poblaciones de pequeños ARN dependientes de Pol IV e independientes de Pol IV. Además, nuestro análisis demuestra una producción reducida de p4-siARNs en comparación con otras regiones genómicas que son menos propensas a generar p4-siARNs que otras, pero más propensas a generar siARNs independientes de Pol IV, incluyendo ARN de 24 nt que mapean a elementos transponibles. Estas observaciones subrayan la diversidad de pequeños ARN producidos por las plantas y destacan la importancia de los estudios genéticos durante el análisis de pequeños ARN.