La Primera Encuesta Genómica del Caracol que Habita en los Vents Hidrotermales de Aguas Profundas
Autores: Hui, Min; Zhang, Yu; Wang, Aiyang; Sha, Zhongli
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2023
Acceso abierto
Artículo científico
2023
La Primera Encuesta Genómica del Caracol que Habita en los Vents Hidrotermales de Aguas Profundas
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Zootecnia
Palabras clave
Caracol
Genoma
Profundidad marina
Mitocondrial
Información genética
Elementos de transposición
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 12
Citaciones: Sin citaciones
El caracol es una especie endémica en ecosistemas quimiosintéticos de aguas profundas del Océano Pacífico Noroeste. Para obtener más información genética sobre esta especie y proporcionar la base para la construcción de un mapa genómico completo, se realizó una encuesta genómica de este caracol del respiradero hidrotermal de la Trinchera de Okinawa. Se estimó que el tamaño genómico era de 1.44 Gb, con una heterocigosidad del 1.91% y un contenido de secuencias repetidas del 69.80%. Basado en los datos de secuenciación, se ensambló un genoma borrador de 1.32 Gb. Los elementos transponibles (ETs) representaron el 40.17% del genoma total, siendo los transposones de ADN los que ocuparon la mayor proporción. Se encontró que la mayoría de los ETs se insertaron en el genoma recientemente. En las repeticiones de secuencia simple, el motivo dinucleotídico fue el tipo de microsatélite más enriquecido, representando el 53% de los microsatélites. Se ensambló un genoma mitocondrial completo con una longitud total de 16,268 pb a partir de los datos de secuenciación. Después de comparar con el genoma mitocondrial publicado de sp. de un manantial de metano, se identificaron 331 sitios potenciales de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) en genes que codifican proteínas (PCGs). Excepto por el gen, , , , y se espera que los genes sean marcadores candidatos para estudios genéticos poblacionales y filogenéticos de y otros caracoles de aguas profundas. En comparación con las especies de aguas poco profundas, tres genes mitocondriales de los gasterópodos de aguas profundas exhibieron una tasa evolutiva más alta, lo que indica una fuerte selección que opera en las mitocondrias de las especies de aguas profundas. Este estudio proporciona información sobre las características genómicas de y suministra recursos genómicos para estudios adicionales sobre la evolución adaptativa del caracol en entornos quimiosintéticos extremos de aguas profundas.
Descripción
El caracol es una especie endémica en ecosistemas quimiosintéticos de aguas profundas del Océano Pacífico Noroeste. Para obtener más información genética sobre esta especie y proporcionar la base para la construcción de un mapa genómico completo, se realizó una encuesta genómica de este caracol del respiradero hidrotermal de la Trinchera de Okinawa. Se estimó que el tamaño genómico era de 1.44 Gb, con una heterocigosidad del 1.91% y un contenido de secuencias repetidas del 69.80%. Basado en los datos de secuenciación, se ensambló un genoma borrador de 1.32 Gb. Los elementos transponibles (ETs) representaron el 40.17% del genoma total, siendo los transposones de ADN los que ocuparon la mayor proporción. Se encontró que la mayoría de los ETs se insertaron en el genoma recientemente. En las repeticiones de secuencia simple, el motivo dinucleotídico fue el tipo de microsatélite más enriquecido, representando el 53% de los microsatélites. Se ensambló un genoma mitocondrial completo con una longitud total de 16,268 pb a partir de los datos de secuenciación. Después de comparar con el genoma mitocondrial publicado de sp. de un manantial de metano, se identificaron 331 sitios potenciales de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) en genes que codifican proteínas (PCGs). Excepto por el gen, , , , y se espera que los genes sean marcadores candidatos para estudios genéticos poblacionales y filogenéticos de y otros caracoles de aguas profundas. En comparación con las especies de aguas poco profundas, tres genes mitocondriales de los gasterópodos de aguas profundas exhibieron una tasa evolutiva más alta, lo que indica una fuerte selección que opera en las mitocondrias de las especies de aguas profundas. Este estudio proporciona información sobre las características genómicas de y suministra recursos genómicos para estudios adicionales sobre la evolución adaptativa del caracol en entornos quimiosintéticos extremos de aguas profundas.