Los roles de las comunidades bacterianas en la salud de los microambientes del suelo pueden definirse de manera más adecuada a través de opciones de manejo del suelo a largo plazo. La fijación de dióxido de carbono (CO) por bacterias autótrofas es un factor principal en los ciclos de carbono del suelo. Sin embargo, la información es limitada en cuanto a cómo las prácticas de labranza de conservación alteran las propiedades fisicoquímicas del suelo, las comunidades bacterianas autótrofas y la diversidad catabólica microbiana. En este estudio, determinamos los cambios en las comunidades bacterianas autótrofas y la utilización de sustratos de carbono en respuesta a diferentes prácticas de manejo del suelo. Un estudio de campo replicado se estableció en 2001, con los siguientes tratamientos de suelo dispuestos en un bloque completo al azar: labranza convencional con residuos de cultivos retirados (T), labranza convencional con residuos incorporados al suelo (TS), sin labranza con residuos de cultivos retirados (NT) y sin labranza con residuos permaneciendo en la superficie del suelo (NTS). Los suelos se muestrearon en 2019 y el ADN microbiano se analizó mediante secuenciación de alto rendimiento. Después de los tratamientos de 19 años (2001-2019), los suelos con labranza de conservación (NTS y NT) aumentaron el carbono de la biomasa microbiana del suelo en un 13%, el carbono orgánico en un 5% y el nitrógeno total en un 16% en comparación con la labranza convencional (T y TS). El tratamiento NTS aumentó la abundancia del gen en el suelo en un 53% en comparación con los otros tratamientos de suelo. La comunidad bacteriana portadora de - estaba principalmente afiliada con el filo y , representando el 56-85% de la comunidad. La retención de residuos de cultivos en el campo (NTS y TS) mejoró los perfiles fisiológicos a nivel de comunidad en un 31% y la utilización de sustratos de carbono en un 32% en comparación con aquellos sin retención de residuos (T y NT). Los 19 años de manejo del suelo llevaron a la conclusión de que la mínima perturbación del suelo, junto con la retención de residuos de cultivos, moldearon la filogenética bacteriana autótrofa, modificaron las propiedades fisicoquímicas del suelo y crearon un microambiente que favoreció la actividad de fijación de CO y aumentó la productividad del suelo.