Evaluar la asociación entre las dietas que contienen leche y los microbiomas de los jóvenes elefantes asiáticos podría ayudar a establecer una suplementación óptima de leche materna para mejorar las tasas de supervivencia de la descendencia. Se investigaron los microbiomas de jóvenes elefantes asiáticos en diferentes dietas que contenían leche (solo leche de elefante, mezcla de leche de elefante y alimento vegetal, y mezcla de leche de cabra y alimento vegetal) utilizando secuenciación de alto rendimiento de genes 16S rRNA y análisis filogenético. La diversidad microbiana fue menor en el grupo de dieta solo de leche de elefante, con una alta abundancia en comparación con los grupos de dieta de mezcla de alimentos. y fueron dominantes en todos los grupos. , , y fueron abundantes en el grupo de dieta de mezcla de leche de elefante y alimento vegetal, y fue abundante en el grupo de dieta de mezcla de leche de cabra y alimento vegetal. Las vías metabólicas de transporte de membrana y motilidad celular estaban significativamente enriquecidas en el grupo de dieta de mezcla de leche de elefante y alimento vegetal, mientras que el metabolismo de aminoácidos y las vías de transducción de señales estaban significativamente enriquecidas en el grupo de dieta de mezcla de leche de cabra y alimento vegetal. La composición de la comunidad microbiana intestinal y las funciones asociadas variaron significativamente entre las dietas. Los resultados sugieren que la leche de cabra no es adecuada para los jóvenes elefantes. Además, proporcionamos nuevos métodos de investigación y direcciones sobre la evaluación de fuentes de leche para mejorar la supervivencia, el bienestar y la conservación de los elefantes.