Los microbios endofíticos de las plantas afectan el crecimiento, desarrollo, nutrición y resistencia a patógenos de las plantas. Sin embargo, cómo cambian las comunidades microbianas endofíticas en los diferentes compartimentos de la planta de fresa después de la infección por patógenos ha permanecido elusivo. En este estudio, se utilizaron secuenciación de amplicones de rRNA 16S y espaciador transcrito interno para investigar sistemáticamente los cambios en la diversidad y composición bacteriana y fúngica en los compartimentos endofíticos (raíces, tallos y hojas) de fresas sanas y fresas con marchitez, respectivamente. El análisis de la diversidad, estructura y composición de las comunidades bacterianas y fúngicas reveló un fuerte efecto de la invasión de patógenos en las comunidades endofíticas. La diversidad de las comunidades bacterianas y fúngicas fue menor en los compartimentos endofíticos infectados que en las muestras sanas. La abundancia relativa de ciertos géneros bacterianos y fúngicos también cambió después de la infección por marchitez. La abundancia relativa de los géneros bacterianos beneficiosos, así como de los géneros fúngicos, fue mayor en las muestras sanas que en las muestras con marchitez. La abundancia relativa de en las muestras infectadas fue significativamente mayor que en las muestras sanas, lo que es consistente con las observaciones de campo y los resultados de aislamiento en cultivo para la marchitez de la fresa. Nuestros hallazgos proporcionan una base teórica para el aislamiento, identificación y control de la enfermedad de marchitez de la fresa.