Evaluar la calidad del semen canino ayuda a detectar la infertilidad en machos, pero identificar los factores que influyen en la calidad del semen canino es una tarea complicada. El objetivo de este estudio fue evaluar la posible influencia de las bacterias encontradas en muestras de semen canino sobre las características del semen de los perros. En este estudio, se recolectaron manualmente muestras de semen de 30 perros y se sometieron a un examen exhaustivo. Los resultados de la motilidad, concentración, viabilidad y morfología de los espermatozoides fueron analizados estadísticamente en relación con el número de bacterias en el semen (UFC/mL) y la microbiota seminal. Las muestras con un recuento bacteriano aumentado por mililitro se asociaron con una motilidad espermática de menor calidad (< 0.05). Los géneros bacterianos más frecuentemente aislados de las muestras de semen analizadas fueron spp. (26.0%), spp. (17.8%) y spp. (16.4%). La presencia de bacterias beta-hemolíticas se vinculó a muestras de semen subóptimas, caracterizadas por una viabilidad del semen significativamente reducida y una menor proporción de espermatozoides morfológicamente normales (< 0.05). spp. se asoció con una carga bacteriana reducida y una calidad del semen superior (< 0.01). Estos hallazgos destacan la importancia de los recuentos celulares bacterianos y la diversidad de la microbiota en relación con varios factores que influyen en la calidad del semen canino, proporcionando una comprensión más completa del bienestar reproductivo canino.