La identidad y composición de los recursos estructuran la comunidad bacteriana, lo que a su vez determina la magnitud de los procesos bacterianos y los servicios ecológicos. Sin embargo, la compleja interacción entre la identidad de los recursos y la composición de la comunidad bacteriana (CCB) ha sido poco comprendida hasta la fecha. Utilizando microcosmos acuáticos, evaluamos si la identidad de los recursos interactúa con la CCB en la regulación de la respiración bacteriana y la diversidad funcional bacteriana, y de qué manera. Se utilizaron diferentes lixiviados de macrófitos acuáticos como diferentes recursos de carbono, mientras que la CCB se manipuló mediante cambios sucesionales de las poblaciones bacterianas en cultivos discontinuos. Observamos que el mismo tratamiento con CCB respiraba de forma diferente en cada recurso de carbono; estos recursos también sustentaban diferentes niveles de diversidad funcional bacteriana. No se observó un patrón lineal claro de respiración bacteriana en relación con la sucesión temporal de las comunidades bacterianas en todos los lixiviados; es decir, las diferencias en la respiración bacteriana entre diferentes CCB fueron bastante idiosincrásicas. La identidad de los recursos reguló la magnitud de la respiración de cada CCB, p. ej. El lixiviado de Ultricularia foliosa mantuvo la mayor diversidad funcional bacteriana y las tasas más bajas de respiración bacteriana en todos los CCB. Concluimos que tanto la identidad del recurso como el CCB interactúan, afectando el patrón y la magnitud de la respiración bacteriana en los ecosistemas acuáticos.