Extendemos los marcos compartimentales clásicos para sistemas susceptibles-infectados-susceptibles (SIS) y susceptibles-infectados-recuperados (SIR) para incluir una clase expuesta/latente o una clase crónica de infección. Utilizando una serie de modelos estocásticos de cadenas de Markov de tiempo continuo examinamos el impacto de la infección latente y crónica en el tiempo medio hasta la extinción de la infección. Nuestros hallazgos indican que el tiempo medio hasta la extinción del patógeno se incrementa para enfermedades infecciosas que causan infección expuesta/latente antes de la infección completa y que el tiempo de extinción se incrementa aún más si estos individuos expuestos también son capaces de transmitir la infección. Una etapa de infección crónica puede disminuir o aumentar el tiempo medio hasta la extinción del patógeno y en particular esto depende de si los individuos crónicamente infectados incurren en mortalidad inducida por la enfermedad y si son capaces de transmitir la infección. Relacionamos nuestros hallazgos con enfermedades infecciosas específicas que presentan etapas infecciosas latentes y crónicas y argumentamos que las enfermedades infecciosas con estas características pueden ser más difíciles de manejar y controlar.