Evaluamos dos dimensiones de la conectividad fluvial: longitudinal (entre parches de bosque a lo largo del arroyo) y lateral (vegetación riparia), utilizando conjuntos de macroinvertebrados como bioindicadores. Se muestrearon sitios que representan diferentes usos del suelo en una cuenca baja que alberga un mosaico de áreas protegidas. El análisis del uso del suelo, las etapas sucesionales del bosque y la anchura de las zonas riparias se calcularon mediante análisis SIG. La fauna de macroinvertebrados se vio fuertemente afectada por el uso del suelo. Observamos una disminución continua en el número de especies sensibles, el porcentaje de destructores y el índice biótico IBE-IOC desde el área protegida aguas arriba hasta los sitios altamente deforestados, aumentando nuevamente donde el arroyo cruza una reserva biológica. Al analizar las franjas de amortiguamiento, observamos que la fauna acuática responde a las alteraciones del uso del suelo más allá del corredor ripario de 30 m (60 m y 100 m de ancho). Analizamos la conectividad longitudinal entre los parches de bosque y las franjas de amortiguamiento de vegetación riparia necesarias para albergar una alta diversidad de macroinvertebrados. Recomendamos acciones para el aumento/mantenimiento de la biodiversidad en esta y otras cuencas de tierras bajas.