La suplementación de las dietas de rumiantes con alimentos no convencionales (semillas; CS) ricos en moléculas bioactivas como los ácidos grasos poliinsaturados, puede resultar ser una estrategia ecoeficiente potencial para manipular el microbioma del rumen hacia la eficiencia. Cuarenta y ocho ovejas fueron divididas en cuatro grupos homogéneos (12 cada uno) de acuerdo con su producción de leche corregida por grasa (6%), peso corporal y edad, y se alimentaron individualmente con concentrado, heno de alfalfa y paja de trigo. El concentrado del grupo de control (CON) no tenía inclusión de CS, mientras que los grupos tratados fueron suplementados con CS a 60 (CS6), 110 (CS11) y 160 (CS16) g·kg de concentrado, respectivamente. Se recolectó el digesto del rumen utilizando un tubo esofágico y luego se separaron las partículas líquidas y sólidas utilizando capas de tela de queso. Un cribado inicial del bacterioma utilizando secuenciación de nueva generación de 16S fue seguido por la identificación de microbios específicos con una plataforma de RT-qPCR, que reveló los cambios básicos de la microbiota del rumen bajo los niveles de suplementación de CS. Las abundancias relativas de Archaea y metanógenos se redujeron significativamente en las partículas sólidas de CS11 y CS16. Además, la abundancia relativa de Protozoos se incrementó significativamente tanto en el líquido del rumen como en las partículas sólidas de CS6, mientras que la de Hongos se redujo significativamente en la partícula del rumen de CS16. En el líquido del rumen, la abundancia relativa de se incrementó significativamente en CS6 y CS11, respectivamente. En las partículas sólidas de CS11, la abundancia relativa de se redujo significativamente, mientras que las de y se incrementaron significativamente. Adicionalmente, la abundancia relativa de se incrementó significativamente tanto en CS11 como en CS16. En consecuencia, el mayor contenido de CS en el concentrado redujo la abundancia relativa de metanógenos sin inducir cambios radicales en los microorganismos del rumen que pudieran afectar la fermentación ruminal y el rendimiento de las ovejas.